Dal 1974 ha lavorato come ricercatore ospite del TUM presso l’Istituto svizzero di ricerca nucleare (SIN oggi Istituto Paul Scherrer) di Villigen. Dopo di che è entrato al laboratorio di fisica d’alta energia del Politecnico federale di Zurigo al SIN ed è stato ricercatore principale del professor J.P. Blaser al Politecnico di Zurigo.
Nel 1978 H.-J. Pfeiffer è entrato alla Divisione principale della sicurezza degli impianti nucleari (DSN) – l’attuale IFSN – in cui si è occupato della radioprotezione del personale e dell’ambiente. Dal 1990 al 2000 ha diretto la scuola di radioprotezione all’Istituto Paul Scherrer di Würenlingen. Dal gennaio 2000 ha diretto il dipartimento Radioprotezione, pianificazione delle emergenze e organizzazione del DSN, di cui – a partire dal 2002 – è stato primo sostenuto del direttore.
Il dott. Pfeiffer ha rappresentato la Svizzera nel comitato di radioprotezione (RASSC) dell’AIEA a Vienna dal 2000 fino al suo pensionamento nel 2007. Dal 1978 è stato attivo nel campo della radioprotezione ed è considerato un esperto in questo settore. In questo ambito è stato membro del Comitato direttivo dell’associazione germano-svizzera di radioprotezione e membro della Commissione federale per la protezione NBC (ComNBC).
Fa parte del consiglio dell’IFSN dal 2008.
