Dès 1974, il travaille comme chercheur associé de la TUM à l’Institut suisse de recherche nucléaire (SIN, aujourd’hui IPS) à Villigen. Il se rend ensuite au laboratoire de physique de haute énergie de l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ) au SIN et devient chef-assistant du professeur J. P. Blaser de l’EPFZ.
En 1978, il entre à la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN), où il se consacre à la radioprotection du personnel et de l’environnement. De 1990 à 2000, il dirige l’école de radioprotection de l’Institut Paul Scherrer (IPS) à Würenlingen. Dès janvier 2000, il est à la tête de la division «Radioprotection, plan d’urgence et organisation» (SANO) de la DSN et devient premier directeur suppléant de la DSN en 2002.
De 2000 à 2007, il représente la Suisse au comité de radioprotection (RASSC) de l’AIEA à Vienne, est membre du comité de direction de l’association germano-suisse de radioprotection (Deutsch-Schweizerischer Fachverband für Strahlenschutz), ainsi que de la Commission fédérale pour la protection ABC (ComABC).
Monsieur Pfeiffer a pris sa retraite le 1er décembre 2007. Il est membre du conseil de l’IFSN depuis le 1er janvier 2008.
